Система FreeBSD 10.3
При компиляции различных зависимых приложений, в астности php56-gd вылазила ошибка '/usr/local/lib/libjpeg.la' is not a valid libtool archive.
Проблема была в том что этот файл был символической ссылкой на '/usr/local/lib/libjpeg.a, не был частью пакета и не удалялся при обновлении или удалении пакета jpeg или jpeg-turbo.
После удаления этого файла проблема была решешна.